Факультет перерабатывающих технологий имеет богатую историю, начавшуюся еще в 20-е годы XX века.

В то время Кубано-Черноморская область остро нуждалась в специалистах по переработке сельскохозяйственного сырья.

12 марта 1923 года коллегия Наркомпроса под председательством А.В. Луначарского приняла постановление об организации в составе Кубанского сельскохозяйственного института отделения сельскохозяйственной технологии и сельскохозяйственного товароведения.

Основателями технологического направления подготовки инженеров-технологов были известные профессора В.Н. Джонс и А.А. Шмук.

В институте были созданы специализированные кафедры: «Технология жиров и масел» (профессор В.Н. Джонс), «Химия табака» (профессор А.А. Шмук), «Виноделия» (профессор М.Ф. Щербаков), «Технология зерна и муки» и др.

После реорганизации Кубанского сельскохозяйственного института на базе факультета сельскохозяйственной технологии и сельскохозяйственного товароведения приказом по Народному Коммисариату внешней и внутренней торговли СССР от 13 мая 1930 года был создан институт пищевой промышленности.

В 1999 году факультет перерабатывающих технологий был воссоздан на основании решения Главного Управления высших учебных заведений МСХ РФ. Приказом № 285 от 28 декабря 1998 г. и началась подготовка технологов в рамках факультета плодоовощеводства и виноградарства.

Основателем факультета и его первым деканом была доктор технических наук, профессор Л.В. Донченко.

Основой для создания факультета послужила кафедра технологии хранения и переработки сельскохозяйственной продукции, которая была создана на факультете плодоовощеводства и виноградарства.

Это был один из первых факультетов подобного направления среди сельскохозяйственных вузов России. В 2001 году факультет приказом ректора № 294 от 4 сентября 2001 года выделен в отдельную административную единицу и начал подготовку по специальности «Технология производства и переработки сельскохозяйственной продукции». 

На сегодняшний день факультет готовит бакалавров по направлению подготовки «Продукты питания из растительного сырья» и «Технология производства и переработки с/х продукции», магистров по направлению подготовки «Продукты питания из растительного сырья» и «Продукты питания животного происхождения».

Кафедрами факультета разработаны профессионально-образовательные программы, введены новые учебные дисциплины, пересмотрено содержание учебного процесса с учетом особенностей АПК региона. Кафедры факультета проводят значительную работу по совершенствованию форм и методов обучения студентов. Разработаны мультимедийные лекции, семинарские занятия проводятся в форме решения ситуационных задач, широко практикуется проведение выездных занятий на предприятиях, проведение конференций.

На нынешнем этапе основной задачей преподавателей факультета является подготовка кадров технологического направления для агропромышленного комплекса Краснодарского края. Факультет ведет подготовку специалистов, обладающих широким спектром знаний в области хранения и переработки сельскохозяйственной продукции, умеющих оперативно ориентироваться в потоке современных нововведений и обеспечивает промышленную безопасность страны и края.