Футбол, как профессиональный вид спорта, в КСХИ стал активно развиваться в 1964 году. Первым тренером по футболу стал Забутов Леон Михайлович. В этом же году сборная команда КСХИ по футболу стала победителем первенства среди вузов министерства сельского хозяйства СССР. В разные годы тренерами по футболу в Кубанском ГАУ были:

• Забутов Л.М. – 1964-1968 гг.;

• Ерошкин С.В. – 1969 – 1979 гг.;

• Жувака А.С. – 1980 – 1984 гг.;

• Клипа А.В. – 1984 – 1999 гг.; 
  

• Сальников А.С. – 1999 – 2001 гг.;

• Мамедов Е.А. – 2001 – 2003 гг.

С 2003 года и по настоящее время сборную команду по футболу, а с 2005 года – по мини-футболу тренирует чемпион мира по футболу среди юношей, мастер спорта СССР Лемиш Владислав Юрьевич.

С 2019 года сборную команду по футболу тренирует Немыкин Андрей Алексеевич.