Создание в университете стабильной, надежно функционирующей и результативной системы менеджмента качества, отвечающей современным требованиям обусловлено внутренними потребностями развития университета, тесными связями с потребителями, заинтересованными сторонами и необходимостью адаптации к требованиям Болонского процесса.

Целью формирования СМК является обеспечение устойчивых конкурентных преимуществ Кубанского ГАУ на рынке образовательных услуг в соответствии с миссией и политикой по качеству.

Инициатор создания СМК на базе международного и отечественного опыта — ректор университета Трубилин Александр Иванович.

Точкой отсчета в формировании СМК Кубанского ГАУ стало решение ученого совета университета от 06.10.2008 г. (протокол № 9) и приказ ректора от 22.10.2008 г. № 627, которым был учрежден проект «Адаптация системы менеджмента качества к требованиям стандарта ISO 9001:2008, типовой модели системы качества образовательного учреждения, стандартов ENQA и модели совершенства EFQM». Таким образом, в основу СМК университета положены все международно-признанные эффективные модели менеджмента.

Комиссией под руководством ректора университета был проведен анализ результатов выполнения проекта «Адаптация системы менеджмента качества к требованиям стандарта МС ИСО 9001:2008, типовой модели системы качества образовательного учреждения, стандартов ENQA и модели совершенства EFQM» и составлен акт внедрения СМК Кубанского ГАУ от 01.09.2009 г.

30 ноября 2009 года система менеджмента качества Кубанского государственного аграрного университета была сертифицирована по международному стандарту ИСО 9001:2008 в отношении проектирования, разработки и реализации программ высшего образования в соответствии с областью лицензирования и государственной аккредитации и научной деятельности.

Ежегодно университет проходит плановые надзорные и ресертификационные аудиты системы менеджмента качества, в 2018 году СМК Кубанского ГАУ продемонстрировала соответствие требованиям новой версии международного стандарта ИСО 9001:2015.