История гандбола в Кубанском ГАУ началась практически с момента образования кафедры физвоспитания в 1950 году. Первые значительные успехи у студентов-гандболистов можно отнести к периоду работы на кафедре в 70-е годы Кияшко Владимира Федоровича. В это время сборная команда КСХИ неоднократно становилась победителем и призером республиканских и всесоюзных спартакиад Министерства сельского хозяйства.

В 1982 году с вводом в строй нового учебного корпуса кафедры физвоспитания на базе нашего вуза начала тренировочные занятия женская команда мастеров по гандболу «Сельхозтехника» под руководством заслуженного тренера СССР Тарасикова Александра Ивановича и Евгения Васильевича Трефилова. Семь игроков команды «Сельхозтехника» стали студентами разных факультетов нашего университета. Среди них чемпионки мира Светлана Выдрина и Светлана Розинцева, мастера спорта Галина Кучкова и Галина Живило, которые после окончания учебы в КСХИ стали призерами XXV Олимпийских игр 1992 года в Барселоне. На чемпионатах страны за команду «Сельхозтехника» выступали наши студентки Полина Прокопец, Татьяна Анагрова и Елена Пименова.

Среди известных имен Кубанского гандбола необходимо отметить заслуженного тренера России Сорокина Виталия Петровича, который несколько лет возглавлял сборную команду КСХИ.

Сейчас женской сборной командой по гандболу в которой состоят 11 человек (из которых один человек имеет I спортивный разряд, а 9 являются Кандидатами в мастера спорта). Руководит сборной Мастер спорта России, судья Всероссийской категории Чуркин Никита Александрович.

Для университета 2016 год запомнился выдающимся выступлением нашей самой титулованной спортсменки - гандболистки Сень Анны, ставшей Олимпийской чемпионкой по гандболу в Рио-дэ-Жанейро. В 2018 году команда Университета принесла серебро на соревнованиях по гандболу среди женских команд в рамках XXVIII Универсиады ВУЗов Кубани. В 2019 году девушки стали победителями Первого студенческого турнира памяти заслуженного тренера РСФСР Г.И. Барышева по гандболу.