Кафедра философии создана в 1963 году. В условиях Социалистического государства она выполняла наряду с мировоззренческой функцией и идеологическую, так как марксизм-ленинизм был официальной идеологией Советского Союза, с ее явно выраженным атеизмом. Смена ценностных ориентаций в период перестройки в направлении гласности и демократии направили философскую мысль к расширению своих историко-философских границ до границ культуры, были введены предметы: основы мировой и отечественной культуры, история религий, свободомыслия и атеизма. Сама философия размышляла о своем прошлом (история философии) и настоящем (современные философские учения и проблемы). Акцент делался на мировоззренческие, культурологические, а не на идеологические составляющие воззрений мыслителей прошлого и настоящего. В постперестроечный период приобретает значимость социально-философская тематика: проблемы построения гражданского общества, правого государства, проблемы свободы совести (свобода верить, мыслить, знать), проблемы достоинства и толерантности.
Первым заведующим кафедры была кандидат философских наук, доцент В.П. Арбатова1963-1969.
В разное время кафедру возглавляли доктор философских наук, профессор И.А. Селезнев 1974-1986, тема научных исследований кафедры в этот период была: «Образ жизни сельских тружеников» (на социологических исследованиях Кубанского села).
Доктор философских наук, профессор Н.М. Маковка возглавлял кафедру с 1969-1974, и с 1986-1997, тема научных исследований: «Методология социально-гуманитарных наук в аграрном университете».
Преподаватели кафедры вели на всех факультетах в разные периоды времени – следующие дисциплины: философию, логику, этику, эстетику, основы мировой и отечественной культуры, историю религий, свободомыслия и атеизма, культурологию, историю и философию науки.
Особенностью работы кафедры в период с 1963 по 1991гг. было то, что наряду с учебным процессом и научными исследованиями преподаватели, аспиранты и студенты активно участвовали в просветительской деятельности всесоюзного общества «Знание». Этот период характеризуется также разнообразными формами интернациональной работы со студентами факультета тропического и субтропического сельского хозяйства, иностранными землячествами.
С 1997 - 2002 заведовал кафедрой доктор социологических наук, профессор А.А. Хагуров. Тема научных исследований кафедры в этот период: «Разработка и усовершенствование научных основ преподавания философии и культурологии в условиях гуманитаризации учебно-воспитательного процесса в аграрном университете».
С 2002 года кафедрой руководит доктор философских наук, профессор Данилова М.И. В настоящее время на кафедре работает девять сотрудников. Один профессор, восемь кандидатов наук, семь доцентов, старший лаборант. Процент остепененности на кафедре составляет - 100%.
Сотрудники кафедры преподают на всех ступенях высшего образования: философию на всех факультетах университета (специалисты, бакалавры); религия и государственное управление на факультете управления; философские основы естествознания, историю и методологию науки, философские основы науки и техники, философию права, философию управления – у магистров; философию науки у аспирантов нефилософских специальностей.
Большая работа проводится по подготовке аспирантов и соискателей для сдачи кандидатского минимума по истории и философии науки для всех специальностей агроуниверситета и научно-исследовательских институтов аграрного профиля.
Научным направлением кафедры в 2011-2015 годы была тема: "Философия и культура в контексте времени", по итогам выполнения которой подготовлена к выпуску коллективная монография. В 2016 - 2020 годы темой научных исследований была: "История и современность в полилоге философии, науки и культуры". В 2021-2025 году темой научных исследований является: "Коэволюция природы, общества и человека".
Коллектив кафедры издает учебную и учебно-методическую литературу. Создана электронная библиотека классиков мировой философской мысли и современных разработок в области философии.
Кафедра выступает инициатором международных, всероссийских, межвузовских конференций на актуальные темы: «Личность в историческом процессе» (2002), «Проблемы понимания и языка в современной социокультурной ситуации» (2003), «Философия, наука, религия: в поисках диалога» (2004), «Философия науки: прошлое, настоящее и будущее» (2005), «Методологические проблемы изучения курса «История и философия науки» (2006), «Свобода совести в условиях многонационального и поликонфессионального общества» (2006), «Наука, творчество, инновации, успех» (2007), «Россия Запад: проблемы и перспективы взаимодействия» (2008), «Социокультурные основания науки» (2009), «Философия и культура мышления в контексте времени» (2011), «Информационные технологии в самореализации личности»(2012), сборник научных статей: «Наука и образование как основы самореализации личности»(2012), "Этические проблемы современной культуры" (2014). Кафедра философии приняла активное участие во всероссийской научной конференции: "История Кубанского государственного аграрного университета. Взгляд сквозь столетие" (2021).
Традиционными стали ежегодно проводимые кафедрой научно-практические студенческие конференции на актуальные для молодежи темы: «Духовность в современном мире», «Государство и религия: поиск гражданского согласия. Толерантность. Патриотизм», «Молодежь в глобализирующемся мире», «Наука и творчество в молодежной среде», «Человек (не)читающий: вчера, сегодня, завтра», «История философии актуальна и сегодня».
Кафедра плодотворно работает с философским обществом при РАН и Отделом сотрудничества с общественными объединениями, созданном при Уполномоченном по правам человека в Российской Федерации. Кроме публикаций в сборниках материалы размещаются на сайте РОИР. Кафедра участвует в федеральной государственно-религиоведческой экспертизе, созданной при Экспертном совете при Уполномоченном по правам человека в Российской Федерации, является центром Краснодарского отделения общероссийской общественной организации «Объединение исследователей религии». Проведен мониторинг религиозности в Краснодарском крае, издавался и переиздавался справочник религиозной ситуации и религиозных организаций в Краснодарском крае.
Сотрудники кафедры участвуют в международных и всероссийских семинарах по проблемам гражданского общества и свободы совести, выступают в средствах массовой информации.
Преподаватели кафедры являются участниками конференций и семинаров, проходивших в Турции, Италии, Сербии, Израиле, Франции, Украине, Москве, Санкт-Петербурге, Ростове-на-Дону, Волгограде, Нижнем Новгороде, Перми, Екатеринбурге, Владивостоке, Пензе, Благовещенске, Махачкале, Адлере, Сочи, Армавире и др. Преподаватели проходили стажировку в университетах Москвы, Ростова-на-Дону, Краснодара, Киева, Сербии, Турции, Китая, Греции, Америке.