Кафедра компьютерных технологий и систем (прежнее название – информатики и вычислительной техники) была образована 1987 году. До 2001 года ее возглавлял профессор Колесников Н.Г., в 2001 году кафедрой заведовал в последующем (с 2002 года) декан факультета прикладной информатики профессор Курносов С.А., а с 2002 года кафедра имеет нынешнее название (приказ №1 от 21 февраля 2002 года) и заведующим кафедрой является Заслуженный деятель науки РФ, трижды лауреат премии Администрации Краснодарского края в области образования и науки, доктор технических наук, профессор Лойко Валерий Иванович.
На кафедре студентов обучают 5 профессоров, 10 доцентов, 6 старших преподавателей и ассистентов.
Кафедра ведет 43 дисциплины бакалавриата и 10 - магистрата на факультете прикладной информатики и более 20 дисциплин (бакалавры, магистры) других факультетов и аспирантуры университета. В ее распоряжении находится шесть компьютерных классов и две стендовых лаборатории, оборудованных современной вычислительной техникой и интегрированных в единую локальную вычислительно-информационную сеть, подключенную через сервер к сети Интернет. При участии кафедры КТС и ее технической поддержке были оборудованы две первые в университете мультимедийные лекционные аудитории и зал заседаний ученого совета университета. В настоящее время кафедра имеет две мультимедийные лекционные аудитории, в которых ее сотрудниками ведется техническое обслуживание и сопровождение.
Кафедра компьютерных технологий и систем руководит подготовкой обучающихся по следующим направлениям:
- 09.03.02 - Информационные системы и технологиии, профиль «Информационные системы и технологиии» (уровни бакалавриата - академический и прикладной);
- 09.04.02 - Информационные системы и технологиии, профиль «Информационные системы и технологиии» (уровень магистратуры).
Преподавателями кафедры по изучаемым студентами дисциплинам разработаны автоматизированные обучающие системы и мультимедийные курсы лекций. За последние годы преподавателями кафедры опубликованы учебники и учебные пособия с грифами Министерства сельского хозяйства и УМО, свыше пятидесяти учебно-методических пособий.
На кафедре создана научная школа, руководимая Заслуженным деятелем науки России, профессором Лойко В.И. В школе ведутся научные исследования по двум основным направлениям, возглавляемым докторами наук Лойко В.И. и Луценко Е.В.: «Потоковые и инвестиционно-ресурсные модели и методы управления АПК» и «Семантические информационные модели в управлении АПК». В исследованиях участвуют три доктора и 7 кандидатов наук. Сотрудниками кафедры по указанным направлениям выполнялись и выполняются проекты по грантам Российского фонда фундаментальных исследований и Российского гуманитарного научного фонда. Кафедрой ведется подготовка докторантов, аспирантов и соискателей по научным специальностям 38.06.01 – экономика по профилю "математические и инструментальные методы экономики", 09.06.01 - информатика и вычислительная техника по профилям: "управление в социальных и экономических системах" и "математическое моделирование, численные методы и комплексы программ". За последние годы сотрудниками кафедры защищены две докторских и четыре кандидатских диссертаций, изданы 21 монография, получены 24 патента, опубликовано более 200 научных статей, в основном в изданиях, входящих в «перечень ВАК» и цитируемых в РИНЦ, Скопус, Веб оф Саенс.
На кафедре работает студенческое научное общество, организованы два кружка: «WEB-дизайн и WEB-программирование» под руководством к.т.н., доц. Креймера А.С.; «Базы данных и управление данными» под руководством к.э.н., доц. Ткаченко В.В. Работа кружков направлена на углублённую подготовку студентов к дипломному проектированию и летним производственным практикам по базам данных и управлению данными, а также к участию в ежегодных Международных студенческих олимпиадах «IT-Планета». В работе кружков принимают участие в общей сложности 60 студентов.
Кафедра под руководством доцента Ткаченко В.В. регулярно организует международные учебные стажировки студентов в Германии, Чехии, Португалии. В общей сложности в стажировках приняли участие и получили Сертификаты более 70 студентов факультета прикладной информатики различных направлений подготовки.
На базе кафедры в 2003 году создан и успешно издается ее сотрудниками один из первых электронных научных журналов России – «Научный журнал КубГАУ» (http://ej.kubagro.ru/), входящий в Перечень ВАК и РИНЦ.