История университета берет начало в 1918 г., со времени образования агрономического отделения при Кубанском политехническом институте. До этого в регионе не было высших учебных заведений, выпускавших специалистов в области сельского хозяйства. Основателями вуза являются известные ученые: М. Е. Подтягин, А. А. Малигонов, А. А. Шмук, А. И. Смирнов и др.

По решению Кубано-Черноморского областного Совета рабочих, крестьянских, казачьих, красноармейских и горских депутатов агрономическое отделение политехнического института в 1922 г. было перепрофилировано в Кубанский сельскохозяйственный институт.

Ректором КСХИ был назначен М. Е. Подтягин (1922–1923). Под его руководством началась активная научно-исследовательская деятельность. Педагогический коллектив, в составе которого было 15 профессоров, отличался высокой научной квалификацией. Первый выпуск состоял из 12 специалистов.

22 июня 1941 г. фашистская Германия вероломно напала на Советский Союз. В первый год войны на фронт отправилось около 20 % населения Кубани. Сотрудники и студенты КСХИ не остались в стороне, из них 246 человек с честью защищали Родину и внесли личный вклад в Победу!

Коллектив института с первых дней Великой Отечественной войны, продолжая педагогическую деятельность, активно решали задачи военного времени, имеющие важное оборонное значение. Под руководством профессора М. Н. Ждан-Пушкина было организовано производство взрывчатых веществ. Ученые А. К. Плисов, Л. Н. Парфентьев и А. И. Смирнов приняли непосредственное участие в изготовлении лекарственных средств – камфорного масла, сульфидина, стрептоцида, сульфазола и пенициллина. Профессор П. Э. Стребейко изобрел аппарат для капельного переливания крови. Профессорско-преподавательский состав агрономических кафедр оказывал всестороннюю помощь колхозам и совхозам.

Несмотря на самоотверженную борьбу советских войск, оборона на Кавказе была прорвана. 2 августа 1942 г. институт был вынужден эвакуироваться. Оставшимся в КСХИ 44 преподавателям и 80 студентам предстояло преодолеть пешком путь до Сухуми. Затем они добрались до Баку и через Каспий в Самарканд. Жизнь в эвакуации была трудной, но учебный процесс не прекращался.

После освобождения Краснодара преподаватели и студенты вернулись в Краснодар. 17 сентября 1943 г. в вузе возобновились занятия. За годы войны институту был нанесен огромный экономический ущерб – предстояло восстановление материальной базы.

Среди сотрудников, сражавшихся на фронтах Великой Отечественной войны, удостоены звания Героя Советского Союза: Ф. М. Иванов, Е. А. Костылев, Н. П. Мельников, Н. Е. Редькин, В. В. Яксаргин.

Кубанский сельскохозяйственный институт за заслуги в подготовке специалистов сельского хозяйства и развитие научных исследований награжден орденом Трудового Красного Знамени (Указ Президиума Верховного Совета СССР от 7 января 1967 г.).

В рамках приказа № 5-к Государственной комиссии Совета Министров СССР по продовольствию и закупкам «Об организации государственных аграрных университетов» от 11 января 1991 г. Кубанский ордена Трудового Красного Знамени сельскохозяйственный институт преобразован в Кубанский государственный аграрный университет.

1 сентября 2005 г. Кубанский государственный аграрный университет посетил В. В. Путин. Президенту Российской Федерации показали выставку сельхозпродукции «Золотая осень» в главном корпусе. На кафедре растениеводства Владимира Владимировича ознакомили с достижениями в аграрной отрасли. В общении с преподавателями и обучающимися Президент отметил важность выбранной будущими специалистами в области сельского хозяйства профессии. Глава государства обозначил актуальность проблемы продовольственной безопасности. В. В. Путин пожелал молодым людям ярких студенческих лет, успехов в учебе и будущей профессии.

В 2006 г. в рамках национального проекта «Образование» в Кубанском ГАУ была реализована инновационная образовательная программа «Производство, переработка и сертификация продукции растениеводства». Агрономический факультет и факультет перерабатывающих технологий получили президентский грант.

Для проведения научных и производственных работ на опытных полях была закуплена техника, приобретено оборудование для хранения семян. Построены уникальные научные объекты: Центр искусственного климата, новый экспериментальный комплекс по производству функциональных продуктов питания, а также крупнейшая в крае сертификационная лаборатория. Оба эти объекта вошли в состав НИИ Биотехнологии и сертификации пищевой продукции.

В учебный процесс были внедрены 32 новые дисциплины, издано более 28 учебников и учебных пособий; 15 программных продуктов; 15 новых учебных программ для дополнительного образования.

С 2007 г., когда Кубанский государственный аграрный университет возглавил Александр Иванович Трубилин, приоритетным стал курс инновационного развития образовательной и научной деятельности, а также укрепления материально-технической базы.

В настоящее время высокий уровень научной деятельности вуза обеспечивается благодаря системному совершенствованию инновационной инфраструктуры, которую составляют:

• НИИ прикладной экологии;
• НИИ биотехнологии;
• десять малых инновационных предприятий;
• опытная станция европейского типа, оснащенная современной отечественной и импортной сельскохозяйственной техникой;
• ботанический сад имени профессора И. С. Косенко;
• два высокорентабельных учебно-опытных хозяйства, имеющие статус агротехнопарков («Кубань» и «Краснодарское»);
• научно-производственный свиноводческий комплекс «Пятачок»;
• центр искусственного климата;
• центр научно-технического творчества молодежи «Агроуниверситет»;
• студенческое проектно-конструкторское бюро;
• лаборатория тепловизионных технологий;
• органический сад и сад высокоплодных насаждений с инновационными технологиями возделывания;
• центр прогнозирования и мониторинга научно-технологического развития АПК;
• ветеринарная клиника и лаборатория молекулярно-генетических исследований в АПК.

В рамках договорных отношений с предприятиями и организациями значительно активизировалась работа по различным научно-исследовательским направлениям.

За последние годы университетом получено 767 патентов на изобретения и полезные модели. Опубликовано 30999 статей в РИНЦ, 5052 статьи в журналах, рекомендованных ВАК. Наблюдается существенная динамика в повышении публикационной активности. В настоящее время показатели возросли в десятки раз: за 2020 г. учеными вуза опубликовано 656 научных статей, из них в базу данных Scopus вошли 351 публикация, в Web of Science – 305 публикаций.

По результатам участия в международных и всероссийских выставках получено 165 медалей, из них золотых – 59.

Кубанский государственный аграрный университет принимает активное участие в мероприятиях различного уровня: Международном конкурсе «Архимед», агропромышленных выставках «Золотая осень», «Агрорусь»; международном салоне изобретений «Новое время» и др.

На базе Кубанского ГАУ работает семь диссертационных советов по шести отраслям науки и 19 научным специальностям. За последние годы в диссертационных советах вуза ученую степень кандидата наук получили 155 соискателей и доктора наук – 24 соискателя.

Научная библиотека университета входит в число крупнейших на юге России, ее фонд содержит более 750 тыс. документов. Ежегодные поступления составляют более 10 тыс. документов, подписка включает 120 наименований периодических изданий. Библиотеку посещают свыше 18 тысяч читателей. Особым спросом пользуется электронный читальный зал с доступом к электронным образовательным ресурсам: библиотеке РГБ, электронным библиотечным системам «Лань», IPRbooks, Znanium, НЭБ и др.

В 2008 г. в Кубанском государственном аграрном университете была разработана и внедрена система менеджмента качества. В ноябре 2009 г. состоялась успешная сертификация на соответствие требованиям Международного стандарта ИСО 9001:2008. Внешнюю проверку проводили эксперты Ассоциации по сертификации «Русский Регистр» – крупнейшей международно признанной российской сертификационной и экспертной организации.

В 2018 г. университет эффективно прошел ресертификационный аудит на соответствие требованиям новой версии международного стандарта ИСО 9001:2015.

СМК Кубанского ГАУ ежегодно подтверждает соответствие требованиям международного стандарта, а коллектив университета демонстрирует свою приверженность принципу постоянного улучшения своей деятельности.

7 февраля 2014 г состоялась церемония открытия XXI Зимних Олимпийских игр в Сочи. 1500 студентов и преподавателей были волонтерами церемоний: встречали и сопровождали спортсменов, принимали участие в массовых сценах, помогали костюмерам, занимались организационной работой со зрителями и болельщиками на спортивных объектах, контролировали порядок на лыжных и бобслейных трассах. Наши девушки-волонтеры стали украшением, сопровождая торжественные церемонии и другие мероприятия.

Приказом МСХ № 71 от 30.04.2015г ФГБОУ ВПО «Кубанский государственный аграрный университет» переименован в Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Кубанский государственный аграрный университет имени И. Т. Трубилина (ФГБОУ ВО Кубанский ГАУ).

Более 10000 студентов из стран Азии, Африки и Латинской Америки с 60-х гг. XX в. получили диплом Кубанского государственного аграрного университета.

С 27 мая по 2 июня 2019 г. впервые в истории вуза состоялся I Международный форум иностранных выпускников Кубанского ГАУ. Цель мероприятия – поддержание и укрепление связей сообщества иностранных выпускников с российской высшей школой.

В рамках форума в Кубанском ГАУ прошли круглые столы, встречи с преподавателями и однокурсниками, экскурсии по кампусу, профильным кафедрам, а также путешествия по городам Краснодарского края.

Программа форума включала: выставку подфака, спортивные мероприятия, круглые столы, фестиваль национальных культур «Венок дружбы». Результатом работы стало подписание соглашений о сотрудничестве с представителями иностранных государств.

В 2020 г. Кубанский государственный аграрный университет успешно прошел государственную аккредитацию по 36 укрупненным группам направлений подготовки, которые включали 108 образовательных программ. Из них 40 – бакалавриата, 29 – магистратуры, 7 – специалитета и 32 – аспирантуры.