До Октябрьской революции на Кубани не было высших учебных заведений, готовивших специалистов для сельского хозяйства, — этим объяснялся низкий агротехнический и зоотехнический уровень региона. В 1913 г. в Кубанской области было 27 агрономов, 7 ветврачей и 277 ветфельдшеров.

Свою историю университет начинает с 1918 г., когда было образовано сельскохозяйственное отделение при Кубанском политехникуме.

Много сил и энергии в дело становления института вложили известные ученые профессора М. Е. Подтягин, А. А. Малигонов, А. А. Шмук, А. И. Смирнов и другие.

Кубанский сельхозинститут был образован по решению Кубано-Черноморского областного Совета рабочих, крестьянских, казачьих, красноармейских и горских депутатов для подготовки агрономов широкого профиля, и 12 марта1922 года постановлением Наркомпроса СССР о преобразовании КПИ в КСХИ он получил юридическую самостоятельность. В этом же году выпущены первые 12 специалистов — 11 ребят и одна девушка, в 1923 — уже 68, а в 1924 — 120 человек.

Педагогический коллектив отличался высокой научной квалификацией. В составе было 12–15 профессоров, в их числе: В. С. Богдан, А. И. Дрбоглав, И. И. Иванов-Юдин, А. П. Лоидис, А. А. Малигонов, П. И. Мищенко, А. И. Смирнов, С. И. Тюремнов, А. А. Шмук. В этот период преподавательский состав пополняется выпускниками института И. С. Косенко, А. М. Улитиным, В. С. Пустовойтом.

В институте со дня основания ведется исследовательская работа. В 1934 году из 24 кафедр 19 разрабатывали 77 научных тем. Особенно активную работу развернули кафедры растениеводства (проф. П. Е. Гребенников), виноградарства (проф. А. А. Мержаниан), виноделия (проф. А. М. Фролов-Багреев), ботаники (проф. И. В. Новопокровский) и др.

В начале 60-х годов в институте открываются экономические специальности, значительно увеличивается число студентов.

За заслуги в подготовке специалистов сельского хозяйства, за развитие научных исследований указом от 7 января 1967 года Президиум Верховного Совета СССР наградил КСХИ орденом Трудового Красного Знамени.

В 1972 г. в институте было 10 факультетов, количество обучающихся студентов — 6900, преподавателей — 600 человек. В вузе работали 102 кафедры, более 80 из них возглавляли доктора наук.

С 1970 по 2007 г., почти четыре десятилетия, университет возглавлял И. Т. Трубилин — Герой Социалистического Труда, Герой Труда Кубани, почетный гражданин г. Краснодара, заслуженный деятель науки РФ, академик РАН, доктор экономических наук, профессор, имя которого неразрывно связано с традициями вуза и историей становления. Благодаря талантливому руководству этого выдающегося человека, институт получил статус университета, был переименован в Кубанский государственный аграрный университет. За годы работы Ивана Тимофеевича университет окончили более 70 тысяч человек, в том числе более девяти тысяч студентов из 83 стран Азии, Африки и Латинской Америки. Кроме того, 240 иностранных граждан защитили здесь кандидатские и докторские диссертации.

В 90-е годы резкое изменение социально-экономических условий в стране обусловило открытие новых специальностей, факультетов и, как следствие, преобразование в 1991 г. Кубанского сельхозинститута в Кубанский государственный аграрный университет. В настоящее время вуз ежегодно выпускает более 3000 специалистов.

1 сентября 2005 года И. Т. Трубилин принимал в университете высокого гостя — Президента РФ В. В. Путина. Владимир Владимирович поздравил студентов и преподавателей с началом учебного года. Университет произвел на президента сильное впечатление. Подлетая на вертолете, он воочию убедился в том, какое это огромное учебное заведение — целый город. Владимир Путин отметил: «Те, кому посчастливилось здесь учиться, сделали правильный выбор. Работа на земле — одна из самых благородных и интересных профессий. Без сельского хозяйства человечество не может существовать. Будущее нашей страны за сельским хозяйством».

Среди многочисленных государственных наград Ивана Тимофеевича — золотая медаль «За вклад в развитие АПК России» (2010), которую вручил ему Президент РФ В. В. Путин.

За всю историю университета выпущено более 140 тысяч человек, среди которых более 9 тысяч — представители Азии, Африки и Латинской Америки.

Из стен университета вышла плеяда современно мыслящих, компетентных и ответственных профессионалов. Многие дипломированные специалисты КубГАУ впоследствии стали знаменитыми учеными. Это селекционеры с мировым именем — П. П. Лукьяненко, В. С. Пустовойт, В. А. Ковда, Г. С. Галеев, В. М. Шевцов; видные общественные деятели — министр сельского хозяйства РФ А. Н. Ткачев, член совета федерации В. А. Бекетов, вице-президент РАН Г. А. Романенко, первый президент Республики Адыгея А. А. Джаримов, председатель Законодательного собрания Краснодарского края Ю. А. Бурлачко, министр сельского хозяйства Краснодарского края Ф. И. Дерека.

Среди выпускников университета — 46 Героев Социалистического Труда, причем шестеро удостоены этой награды дважды.

За 95 лет Кубанский госагроуниверситет стал одним из крупнейших вузов России с уникальной академической средой. Здесь бережно хранят традиции и, шагая в ногу со временем, используют в образовательной и научной сфере инновации. Наиболее эффективно научно-исследовательская и инновационная деятельность осуществляется в рамках научных школ под руководством выдающихся ученых университета — это академики, доктора наук, профессора, заслуженные деятели наук РФ А. Х. Шеуджен, В. П. Василько, Э. А. Александрова, Н. С. Котляров, А. А. Шевченко, В. А. Антипов, В. Г. Рядчиков, А. Е. Чиков, А. А. Солдатов, Г. Г. Маслов, В. Д. Зеленский, И. С. Белюченко и другие.

Кубанский государственный аграрный университет — один из признанных лидеров агарного образования в России, крупнейший в ЮФО центр науки, образования и инноваций:

• имеет благодарность Президента РФ «За вклад в сельскохозяйственную науку и подготовку высококвалифицированных специалистов»;
• соответствует системе менеджмента качества образования международного стандарта ИСО 9001:2015;
• является членом Ассоциации восточно-европейских университетов, участником международных программ академической мобильности Erasmus+, DAAD, FULBRIGHT, LOGO, PRAXX, GerusAgro;
• по данным Роспатента РФ занимает первое место среди аграрных вузов по активности изобретательской деятельности и патентоведению, входит в пятерку крупнейших патентообладателей России.

Сегодня университетский комплекс — это крупный современный студенческий кампус с хорошо развитой инфраструктурой. На 174 га разместились 22 учебных и учебно-лабораторных корпуса, 21 студенческое общежитие для проживания 8,5 тысяч человек, 2 научно-исследовательских института (НИИ биотехнологии и сертификации пищевой продукции, НИИ прикладной и экспериментальной экологии), ботанический сад, опытная станция, студенческая поликлиника, комбинат студенческого питания, крытый спортивный комплекс с плавательным бассейном и скалодромом, стадион, теннисные корты, футбольное поле по стандартам УЕФА, комплекс спортивных площадок в студенческом городке. В структуру университета входят также два высокорентабельных учебно-опытных хозяйства «Кубань» и «Краснодарское», которые являются агротехнопарками.

Важным показателем качества подготовки в вузе является востребованность его выпускников, их стремительный карьерный рост. Более 80% специалистов и руководителей, работающих в АПК края, — выпускники аграрного университета.

Ежегодно более 50% аграриев, подготовленных в Кубанском ГАУ, трудоустраиваются в сельскохозяйственные организации: фермерские хозяйства, агрофирмы, сельхозкооперативы, акционерные общества сельскохозяйственного направления и др.

В университете неизменно обеспечивается высокий уровень организации образовательной, научно-исследовательской, практической и воспитательной деятельности, руководство университета и профессорско-преподавательский состав создают все условия для полноценной, насыщенной жизни своих студентов. В настоящий момент реализуется 162 основные профессиональные образовательные программы высшего образования, в том числе 41 программа подготовки кадров высшей квалификации — программ аспирантуры, 52 программы магистратуры, 7 программ специалитета и 62 программы бакалавриата.

Университет ведет подготовку одновременно около 16 тысяч студентов на 17 факультетах. Успешно осуществляют учебный процесс более 1000 преподавателей. В их числе 10 академиков РАН, более 230 докторов наук и профессоров, более 600 кандидатов наук и доцентов, 20% – докторов, остепененность преподавательского состава составляет 85%.

В университете ведутся перспективные научные разработки, исследования и инновационная деятельность:

• отраслевой патентный фонд насчитывает более 2 млн. единиц информации;
• портфель инноваций включает более, чем 2000 изобретений;
• общее число накопленных заявок на получение РИД составляет 5444 единиц. За 2017-2019 гг. университетом получено 569 патентов и 42 свидетельства на программный продукт;
• в течение последних трех лет разработки представлены на 10 международных, 26 всероссийских и региональных выставках. При этом инновационные проекты ученых отмечены 106 медалями (из них 51 золотая) и 200 дипломами. Ежегодно сотрудники университета публикуют в среднем более 150 монографий, более 200 учебников и учебных пособий.

В университете активно развивается студенческая наука, работает 119 научных объединений: научные кружки, творческие группы, лаборатории. Координацию этой работы осуществляет совет научно-технического творчества молодежи. В 2017–2019 годах студенты участвовали в 261 научной конференции, 102 олимпиадах, 84 конкурсах научных работ. Получено 1500 наград. По результатам исследований опубликовано более 3846 статей, из них 833 статьи, рекомендованных ВАК. Более 600 студентов получают именные стипендии Президента РФ, Правительства РФ, администрации Краснодарского края, ученого совета вуза, благотворительных фондов, Российского фонда фундаментальных исследований за активную научную работу.

Университет поддерживает устойчивые связи с ведущими учебными заведениями и научными учреждениями Германии, Чехии, Венгрии, Франции, Голландии, Италии, Испании, Японии, Болгарии, Сербии, Индии, стран СНГ.

При университете более 25 лет работает Малая сельскохозяйственная академия учащихся Кубани, аналогов которой в России нет. Членами и кандидатами МСХА стали более 5200 учащихся. Академия объединяет 1,5 тысячи школьников и прививает им навыки исследовательской и экспериментальной науки. Ежегодно в мае месяце академия проводит свою конференцию, где принимают участие более 600 человек по 12 направлениям. Многие ребята становятся студентами КубГАУ.

Более 58 лет в Кубанском ГАУ работает факультет общественных профессий, где студенты имеют возможность не только развиваться творчески, но и получать дополнительную общественную профессию — на выбор представлено 40 направлений.

Физкультурно-оздоровительная работа в университете ведется по 25 видам спорта. Университет — признанный лидер, ежегодно занимает призовые места в краевых соревнованиях и в универсиадах высших учебных заведений Министерства сельского хозяйства Российской Федерации.

В XXI зимних Олимпийских и XI Паралимпийских играх 2014 г. в Сочи приняли участие 1100 волонтеров Кубанского ГАУ, представляя наш университет и нашу страну на самом высоком уровне. Ребята приняли участие в самой престижной номинации «Церемонии награждения», а наши артисты принимали участие в закрытии Олимпийских и Паралимпийских игр.

В 2016 году на базе Кубанского госагроуниверситета впервые в истории вуза проходили соревнования федерального уровня -VI летняя универсиада вузов Министерства сельского хозяйства РФ и Федерального агентства по рыболовству. В спортивных состязаниях приняли участие около 600 спортсменов из 26 образовательных учреждений. За призовые места боролись 19 баскетбольных команд, 18 волейбольных и около 200 легкоатлетов. Среди участников соревнований было 3 мастера спорта международного класса, 22 мастера спорта, 162 кандидата в мастера спорта, 325 спортсменов 1 и 2 разрядов.

В 2019 году впервые чемпионат по борьбе дзюдо в рамках IX зимней Универсиады высших учебных заведений Министерства сельского хозяйства Российской Федерации проходил на базе Кубанского ГАУ. В состязаниях приняли участие 12 команд аграрных вузов России. Общее количество участников — 102 чел. В числе участников члены национальной сборной России по дзюдо, 1 — ЗМС, 17 — МС, 37 — КМС и 47 участников массовых разрядов. По итогу проведенных соревнований команда нашего университета заняла 3 место.

Финальные соревнования IX зимней Универсиады вузов Минсельхоза РФ (шахматы, настольный теннис, мини-футбол) проходили на базе ФГБОУ ВО Самарский ГСХА город Самара. Наш университет занял все призовые места по видам спорта:

• Шахматы — 3 место;
• Настольный теннис — 1 место;
• Мини-футбол — 1 место.

Все это способствовало тому, что команда Университета впервые в истории заняла второе общекомандное место в Зимней Универсиаде вузов Минсельхоза РФ.

Приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 30.04.2015 года № 171 ФГБОУ ВПО переименован в ФГБОУ ВО «Кубанский государственный аграрный университет имени И. Т. Трубилина».