Первоначальное название отдела — научно-исследовательский сектор (НИС) был организован в Кубанском сельскохозяйственном институте в 1968 году. Первым руководителем НИСа был Н. С. Кандауров, затем, до 1991 года, подразделение возглавлял Л. Л. Колесников, а до октября 2015 года – В.В. Богатырев. В настоящее время начальником отдела является Е.М. Сорочинская. В разные годы в отделе работали В. И. Журавлев, Л. Л. Абрамова, Л. А. Ганина, А. Е. Перепечина, Л. В. Бирюкова. Сегодня сотрудниками отдела являются — В. П. Попова, С. Е. Серга, Н. Ф. Дегальцева. В 1991 году, после присвоения КСХИ статуса Кубанского государственного аграрного университета, НИС был переименован в отдел хоздоговорных работ. С 23 августа 2016 года с целью повышения эффективности НИР , проводимых в рамках грантовой поддержки РФФИ , РГНФ и других государственных и негосударственных фондов, отдел хоздоговорных работ переименован в отдел сопровождения грантов и НИР.

Отдел является структурным подразделением управления науки и инноваций.

Отдел координирует деятельность центра научно-технического творчества молодежи (НТТМ) «Агроуниверситет» созданный по приказу ректора университета с целью привлечения к научно-исследовательским и внедренческим работам большего числа обучающейся молодежи и студенческое проектно-конструкторское бюро (СПКБ).

Основной целью деятельности отдела является организация научно-исследовательских работ в рамках грантов различных государственных и негосударственных фондов, а также оказание содействия в реализации договоров с предприятиями и организациями.

В компетенцию отдела входит подготовка проектов договоров с предприятиями и организациями на проведение научно-исследовательских, опытно-конструкторских, технологических и проектно-изыскательских работ, оказание информационно-консультативных услуг, осуществление авторского надзора за выполнением проектов и другие виды работ, как с юридическими, так и с физическими лицами. Организация участия сотрудников университета в конкурсах, организуемых Российским фондом фундаментальных исследований, Российским гуманитарным научным фондом, Российским научным фондом и другими государственными и негосударственными организациями.

Хозяйственные договоры на выполнение научно-исследовательских, проектно-конструкторских и внедренческих работ заключаются практически по всем направлениям деятельности факультетов и кафедр университета.